ขณะนี้ที่มาของชื่อนครนายกมีอยู่ ๔ ทาง ดังที่ได้กล่าวไว้บ้างแล้วในความคิดเห็นต้น ๆ คือ
๑. การยกค่านา มีคำบอกเล่าสืบต่อกันมาว่า ชื่อเมืองนครนายกมาจากนโยบายของพระเจ้าแผ่นดินในอดีต ที่ทรงสนับสนุนให้ราษฎรเข้ามาหักร้างถางพง บริเวณที่รกร้างว่างเปล่า แล้วโปรดเกล้า ฯ ให้ยกเว้นการเก็บอากรค่านา จึงเรียกเมืองนี้ว่า เมืองนายก ภายหลังเปลี่ยนเป็น นครนายก
๒. สมุหนายก เนื่องจากในสมัยอยุธยา เมืองนี้อยู่ในการควบคุมของสมุหนายก
๓. บ้านนา พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชดำริว่า เป็นชื่อที่เขมรตั้งสำหรับบ้านนา และยังทรงมีพระราชกระแสว่า ชื่อนครนายกเป็นคำมาจากภาษาสันสกฤต
และ
๔. คำขอมโบราณว่า โกระยก หมายถึง แผ่นดินที่หาเอามา เมื่อนานเข้าคำดังกล่าวได้เพี้ยนเป็นนครนายก
