อย่างไรก็ตาม แม้ญี่ปุ่นจะยอมรับการกระทำ แต่ว่า นักวิชาการญี่ปุ่นได้ออกมากล่าวถึงจำนวนเหยื่อที่เสียชีวิตในครั้งนั้น แม้จีนจะมีตัวเลของผู้บาดเจ็บและเสียชีวิตยืนยันแน่ชัด
หากในปี ๒๐๐๗ ซึ่งเป็นวันครบรอบ ๗๐ ปีการสังหารหมู่ชาวนานกิง รัฐบาลญี่ปุ่นได้ทำวิจัยเกี่ยวกับจำนวนผู้เสียชีวิต ญี่ปุ่นได้กล่าวว่า ประชากรในเมืองนานกิงยุคนั้นมีเพียงสองแสนคนเท่านั้น และจากบันทึกของญี่ปุ่น เมื่อญี่ปุ่นได้บุกเข้ามาในเมือง ผู้คนได้อพยพหนีไปหมดแล้ว และบางส่วนก็เข้าไปอยู่ในเขตปลอดภัย ดังนั้นจำนวนผู้เสียชีวิตไม่ควรเกิน ๒ แสนคน หรืออย่างต่ำที่สุดน่าจะมีประมาณ ๔ หมื่นคน
กระทั่งเวลาล่วงเลยผ่านมาจนถึงปี ๒๐๑๐ ญี่ปุ่นก็ยังคงถกเถียงอยู่ว่าคนตายเป็นจำนวนเท่าใดแน่ ไม่น่าจะเกิน ๒ แสนคน หรืออาจจะต่ำกว่านั้นอีกมาก
สิ่งนี้กลายเป็นประเด็นที่ทำให้เกิดการวิภาควิจารณ์ จนกระทั่งออกข่าวในโทรทัศน์ของจีน
สามารถดูข่าวได้จากเว็ปไซด์ข้างล่าง
http://www.tudou.com/programs/view/kfffsltFGsw/นอกจากนี้ กลุ่มหัวรุนแรงบางกลุ่มในญี่ปุ่น ยังได้ออกมากล่าวอ้างถึงความกรุณาของทหารญี่ปุ่นซึ่งรุกรานนานกิงอีกว่า เขตปลอดภัยที่ชาวตะวันตกบางกลุ่มได้สร้างไว้เพื่อช่วยเหลือคนจีน จริงๆแล้วทหารญี่ปุ่นต่างหากที่ทำ และทหารญี่ปุ่นได้ปฏิบัติต่อคนจีนอย่างเมตตาตลอดสงคราม แม้จะมีหลักฐานความโหดร้ายของญี่ปุ่นก็ตาม