ในสมัยอยุธยากรมพระคชบาลขึ้นตรงต่อพระมหากษัตริย์ แบ่งการบังคับบัญชาเป็น ๒ กรมย่อยคือ
๑.กรมพระคชบาลขวา มี
ออกพระเพทราชาธิบดีศรีสุริยาภิชาติ สุริวงษ์องคสมุหพระคชบาล ว่าที่ตำแหน่งจางวางขวา
๒.กรมพระคชบาลซ้าย มี
ออกพระสุรินทราชานราบดีศรีสุริยศักดิสมุหพระคชบาล ว่าที่ตำแหน่งจางวางซ้าย
ข้าราชการในกรมพระคชบาล ประกอบด้วยจางวาง เจ้ากรม และปลัดกรม แบ่งเป็นฝ่ายต่าง ๆ คือ
๑. ฝ่ายคชศาสตร์ คือครูผู้สอนเกี่ยวกับการฝึกช้าง
๒. ฝ่ายควาญช้าง มีรายนามพนักงานคล้องจองไพเราะน่าฟัง เช่น
นายเสพกะเชน นายกะเรนทภัชชา นายมหาคชรัตน์ นายสวัสดิคชฤทธ์ นายจิตรคชลักษณ์ นายจักคชศรี นายคีรีคชแกว่น นายแม่นคชสาร นายบาลกีรีอาจ นายราชกีรียง เป็นต้น
๓. ฝ่ายหมอปะกำหรือผู้ประกอบพิธีกรรม
๔.ฝ่ายกำลังพลหรือทหารที่ติดตามในกระบวนช้าง
นอกจากกองทหารช้างชาวสยามแล้วยังมีกองทหารช้างข้างฝ่ายมอญด้วย โดยแบ่งเป็น ๒ กรมย่อยเหมือนกันคือ กรมโขลงขวา มีพญาอนันตโยทังเป็นเจ้ากรม และกรมโขลงซ้าย มีพระยาอนันตจ่อสู่เป็นเจ้ากรม มีหน้าที่ควบคุมไพร่พลกองทหารช้างที่น่าจะได้แก่พวกมอญและกะเหรี่ยงที่มีความชำนาญในการใช้ช้าง
ข้อมูลจากบทความเรื่อง ช้างเป็นสินค้า ค้าช้าง ในสมัยอยุธยา โดย ดร.จุฬิศพงศ์ จุฬารัตน์
http://www.thaichang.com/index.php?lay=show&ac=article&Id=480828